На сегодняшний день Югорский государственный университет имеет 22 действующих соглашения с университетами и научно-образовательными центрами 10 стран, в числе которых Германия, Нидерланды, Швейцария, Венгрия, США, Китай, Чехия, Литва, Украина, Канада. С июня 2006 года ЮГУ является членом международной Ассоциации университетов и колледжей арктического региона UArctic, работающих в сфере высшего образования и исследовательской деятельности на Севере. В 2007 году университет вошел в Международную ассоциацию финно-угорских народов. В университете ведется активная работа по международным проектам, финансируемым различными международными программами и фондами: TACIS, INTAS, 6-я рамочная программа Евросоюза, Министерство науки и образования Германии (BMBF), European Commission-Directorate General (JRC, Испра, Италия), NORDEP (Канада), ЮНЕСКО.