Основным стратегическим партнером Югорского государственного университета является Правительство автономного округа, с которым имеется долгосрочное соглашение на подготовку, переподготовку и повышение квалификации кадров, а также выполнение научно-исследовательских работ для нужд Югры. Университет имеет более 20 соглашений о сотрудничестве с организациями автономного округа. Основными целями взаимодействия является, прежде всего, прохождение практик студентами университета, проведение совместных научно-исследовательских проектов,трудоустройство выпускников в организациях и на предприятиях округа.